هر فصل از کتاب زنجیرها با ذکر تاریخی بین 27 مه 1776 تا 19 ژانویه 1777 و نقل قولی از یک سند در آن زمان شروع می شود. از آنجایی که این رمان از زاویه دید ایزابل، قهرمان سیاه پوست آن روایت می شود، بسیار شبیه به یک دفترچه خاطرات است. داستان با تشییع جنازه مری فینچ، ارباب ایزابل و خواهرش روت و ارباب مادر متوفی آنها آغاز می شود. برادرزاده مری، رابرت، ایزابل و روت را به زن و شوهری ساکن شهر نیویورک می فروشد که لاکتون‌ نام دارند، لاکتون ها محافظه‌کاران معتقدی هستند که انقلاب آمریکا و شورشیان را که علیه پادشاه بریتانیا می‌جنگند، تحقیر می‌کنند. در سراسر داستان، افراد وفادار به بریتانیا، کسانی را که برای استقلال می‌جنگند «شورشی» می‌خوانند، در حالی که مردان و زنانی که برای رهایی از سلطه حکومت بریتانیا می‌جنگند، خود را «وطن‌پرست» می‌خوانند. ایزابل و روث با قایق از ردآیلند به نیویورک می روند. در اسکله، خانم لاکتون اولین ضربه را به ایزابل می زند. روت، پنج ساله، ساده دل است، بنابراین مادام او را نزدیک خودش نگه می دارد و مانند یک عروسک زیبا به وی لباس می پوشاند، در حالی که او هم درست مثل ایزابل سخت کار می کند. ایزابل به مادرشان قول داده که همیشه از روت محافظت کند. ایزابل با کرزن، برده میهن پرست آقای بلینگهام، آشنا می شود و دوست می شود. کرزن پیشنهاد می کند که ایزابل با جاسوسی از لاکتون ها در ازای آزادی خود برای میهن پرستان کار کند زیرا ایزابل ممکن است نقشه های سری را بشنود. ظلم خانم لاکتون ایزابل را متقاعد می کند که با آرمان میهن پرستان همراه شود.

بکی بری، خدمتکار سفیدپوست، و لیدی سیمور، عمه آقای لاکتون، هر دو با ایزابل و روت مهربانند. ایزابل مطلع می شود که لاکتون‌ها با پرداخت پول به وطن پرستان گرایش سیاسی آنها را عوض می کنند، اطلاعاتی که برای رهبران وطن پرست ارزشمند است. این نقشه از یک سو و توطئه ترور جورج واشنگتن از سوی دیگر منجر به دستگیری لاکتون می شود، اما کسی از نقش ایزابل در این میان بویی نمی برد. ایزابل هر روز از پمپی که محل تجمع بردگان است، آب می آورد و با پدربزرگ مهربانی که به او توصیه های خیرخواهانه ای می کند، ملاقات می کند. پدربزرگ اغلب از «عبور از رود اردن» به عنوان استعاره ای یاد می کند که نمادی است از مسیر هر برده به سوی آزادی. وقتی مادام لاکتون شاهد توقیف روت است، بلافاصله می خواهد او را بفروشد و ایزابل متوجه می شود که لیست توطئه گران که در کشوی کتابخانه نگهداری می شود می تواند در حکم بلیط فرار آنها باشد. ایزابل مستقیماً نزد سرهنگ ریگان در مقر وطن پرستان می رود و او کد بازدیدهای بعدی را به او می دهد. با فاش شدن نقشه‌های محافظه‌کاران، لاکتون از شهر فرار می‌کند و همسرش را پشت سر می‌گذارد. ایزابل و روت در مراسم اعدام مردی که مسئول توطئه ترور بود شرکت می کنند و بریتانیایی ها نیروی دریایی خود را در بندر مستقر می کنند و برای جنگ آماده می شوند. وطن پرستان رسما استقلال خود را اعلام می کنند و شهر پر از سرباز می شود.

مادام لاکتون روت را می فروشد کاری که ایزابل را چنان خشمگین می کند که با خمادام لاکتون درگیر می شود، عملی که باعث صدمه دیدن و فرار ایزابل می شود. ایزابل نزد سرهنگ ریگان می دود که نمی تواند به او کمک کند و او را به سیاه چال میاندازند. پس از سه روز جهنمی، قاضی ایزابل را به دلیل وقاحت، با گذاشتن داغ کلمه “من” روی گونه اش محکوم می کند. داغ چنان دردناک است که ایزابل برای روزها هوشیاری خود را از دست می دهد و در خانه لیدی سیمور از خواب بیدار می شود، برای سلامتی به او شیر می دهند و پاشویه اش می کنند اما گونه اش هنوز می سوزد. ایزابل باید نزد مادام لاکتون برگردد و هفته های بعدی را در غم و اندوهی عمیق سپری کند و کرزن را نادیده بگیرد و برای سرهنگ ریگان آرزوی بدبختی کند. شهر نیویورک دستخوش تحولاتی برق آسا می شود. کرزن به اردوی سربازان وطن پرستی پیوسته است که در نبرد بروکلین خورده و عقب نشینی می کنند. وقتی بریتانیایی ها به نیویورک حمله می کنند، ایزابل تصمیم می گیرد برای آنها کار کند، به این امید که از این طریق آزادی خود را به دست آورد. او اوضاع مقر واشنگتن را به یک افسر بریتانیایی گزارش می دهد، به این امید که او هم متقابلا در فرار کمکش کند، اما چنین نمی شود. وقتی لاکتون ها و لیدی سیمور سربازان بریتانیایی را به خانه هایشان می پذیرند، ایزابل نزد لیدی سیمور می رود تا به او در مراقبت از آنها کمک کند.

هنگامی که شعله های جنگ به نیویورک می رسد، ایزابل به لیدی سیمور کمک می کند تا فرار کند، اما لیدی سیمور آسیب زیادی می بیند و خانه اش ویران می شود، بنابراین او به همراه سربازان بریتانیایی و همسرانشان که کارهای خانه را به عهده می گیرند، به خانه لاکتون ها نقل مکان می کند. بریتانیا فورت واشنگتن را تصرف کرده و شورشیان بازمانده از جمله کرزن را به زندان می برد. در حالی که مادام جشنی برگزار می کند، ایزابل از برنامه های بیشتری با خبر می شود، از جمله امیدوار است که هزاران زندانی از گرسنگی یا بیماری بمیرند. در حالی که ایزابل کاسه ای از ضایعات غذا را به حیاط می برد، نقشه ای را طراحی می کند. ایزابل شروع به بازدید منظم از زندان می کند و برای زندانیان غذا می برد. او اعتماد یک نگهبان و یک رهبر وطن پرست را جلب می کند. او از لیدی سیموری پرستاری می کند که از او برای کمک به زندانیان حمایت می کند.ایزابل پیام هایی را بین افسران زندان و وطن پرستان جا به جا می کند که خطر زیادی برایش دارد.

در کریسمس مادام لاکتون متوجه می شود که او به بازدید زندان می رود و او را از ادامه این کار منع می کند، بنابراین ایزابل تصمیم می گیرد که باید کاری بکند. آن شب، ایزابل یک پودینگ می پزد و آن را به خانواده ای در قسمت سوخته شهر هدیه می دهد و کریسمس را مانند مادرش جشن می گیرد. چند روز بعد، هنگامی که کاپیتان مورس از ایزابل می خواهد که پیامی را به زندانیان برساند و به آنها اطلاع دهد که واشنگتن بریتانیایی ها را در ترنتون شکست داده است، او صدای شادی زندانیان را می شنود. لاکتون از ترس امنیت خود به انگلستان می گریزد. لیدی سیمور از ایزابل عذرخواهی می کند که بیشتر از او محافظت نکرده و خودش او را نخریده است، اما ایزابل نمی تواند او را ببخشد. شهر برای جشن تولد ملکه آماده می شود، جشنی که برنامه اش شامل رقص و آتش‌بازی می‌شود. حال لیدی سیمور دچار سکته مغزی شده است که باعث شده نتواند حرکت و صحبت کند. کاپیتان مورس از ایزابل می خواهد که پولی را به افسر دیگری برساند. آن افسر به ایزابل یادداشتی برای کاپیتان مورس می دهد که در جیبش می گذارد. در خانه، مادام لاکتون خشمگین است، زیرا شخصی به او گفته است که برده اش، ایزابل، یادداشت هایی را برای شورشیان ارسال می کند. وقتی مادام اسکناس را طلب می کند، ایزابل آن را در آتش می اندازد و خشم خانم را برمی انگیزد. در حالت عصبانیت مادام اظهار می کند که همچنان صاحب روتی است که حالا در چارلستون زندگی می کند، و سپس ایزابل را در سرداب حبس می کند. به زودی، ایزابل که مصمم به یافتن روت است فرار می کند. او برای خودش یک گذرنامه جعلی در کتابخانه می نویسد و نام خود را ایزابل گاردنر می گذارد. لیدی سیمور به او اجازه می دهد برای کمک به فرارش چند سکه ای بردارد و آهسته می گوید: “فرار کن!” ایزابل به سوی زندان می دود و ادعا می کند که برای تمیز کردن آنجا آمده است و کرزن را که در وضعیت بسیار بدی می بیند در چرخ دستی پنهان می کند و از زندان بیرون می برد. در نهایت مسیرشان از اسکله می گذرد، جایی که باید از کنار گروهی از سربازان انگلیسی عبور کنند. همانطور که مشغول انجام این کار هستند، آتش بازی آسمان را روشن می کند و حواس سربازان را پرت می کند. ایزابل یک قایق می دزدد و خودش و کرزن را با دستانی خون آلود و یخ زده به نیوجرسی می برد. در پایان کرزن بیدار می شود و می فهمد که هر دو آزاد هستند.